全自動均質器的工作原理利用電子調速控制操縱微型高速電機帶動內外梅花型粉碎刀上下旋轉對各類物質進行均漿、乳化、破碎。當一個樣品管處理完后，平移刀頭至清洗位，依據不同樣本選擇不同的清洗方式（水、有機溶液、超聲波清洗噴淋）及時間，瀝干，刀頭復位，然后旋轉樣品盤對下個樣品進行處理，反復此過程，至最后一個樣品結束。